عوامل گوناگون محیطی با تاثیر بر ماده ژنتیکی و برنامه ازقبل طرح ریزی شده در ژنوم هر یاخته و همچنین با ایجاد قطبیت - تغییر ساختار فیزیکی و شیمیایی مولکولهای موجود در ماده زمینه ای بین یاخته ای - تغییر در وضع آنزیم ها و پروتئین ها ی ساختاری به شدت بر تمایز یاخته ای اثر می گذارند . عوامل محیطی را به سه گروه اصلی شامل عوامل فیزیکی - عوامل شیمیایی و عوامل زیستی تقسیم بندی می کنند.

عوامل فیزیکی متنوعی مثل نور- رطوبت - سرما -  گرما -  تغییرات دما -  پرتو های فرابنفش -  پرتو های یونی کننده -  ارتعاشات صوتی -  امواج مغناطیسی و الکترو مغناطیسی حتی نیروی جاذبه زمین و ...   به اشکال بسیار گوناگونی بر تمایز یاخته ها موثر هستند. برای مثال اثر نور در تمایز کلروپلاست ها -  اثر دمای مناسب (حدود 20تا25درجه سانتیگراد) در تکوین و تمایز دانه های گرده و رویش آنها  دمای حدود 25 تا 30 درجه سانتیگراد در دگردیسی عادی دوزیستان یا تغییرات غیر طبیعی پروتئین ها تحت تاثیر پرتو ها و نظایر آنها مثالهایی از دخالت بعضی  عوامل فیزیکی در برخی تمایز های یاخته ای هستند.

عوامل شیمیایی  اعم از عوامل هورمونی و عوامل فیزیکی یا ترکیبات شیمیایی ویژه مثل الکالوئیدها به شکل های گوناگون مستقیم و غیر مستقیم در تمایز یاخته ای دخالت می کنند. تعداد زیادی از عوامل شیمیایی  به عنوان القا کننده  ژن ها یا مهار کننده عمل آنها موجب روشن و خاموش شدن ژن ها و تمایز یاخته ها می گردند. اثر کمبود گلوکز یا افزایش لاکتوز در محیط و فعال شدن اپرن لاکتوز و یا بر عکس افزایش مقدار گلوکز و مهار این اپرن  همچنین اثر مقدار تریپتوفان بر روشن و خاموش شدن اپرن تریپتوفان  مثال های دیگری از تاثیر عوامل شیمیایی در تمایز یاخته ای هستند.

نقش عوامل تنظیم کننده در رشد گیاهی - هورمون های جانوری - عناصر کانی پر مصرف و کم مصرف در تمایز یاخته ای با روش های کشت در شیشه نیز به خوبی به اثبات رسیده است.